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Comment justifier ses comptes en cas de contrôle ?

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Un contrôle fiscal ou comptable, ça peut arriver à n'importe quelle entreprise, même les plus rigoureuses. Heureusement, une comptabilité bien tenue se défend toute seule. En effet, justifier ses comptes est avant tout une question de méthode. Des écritures cohérentes, des factures bien classées, un rapprochement bancaire à jour, et le tour est joué.

En France, le contrôle fiscal ou comptable s’assure que les données déclarées par une entreprise correspondent à la réalité de ses opérations. Recevoir un avis de vérification de l’administration fiscale fait donc toujours un petit effet. Mais pour une entreprise dont la comptabilité est bien tenue, ce n’est pas une catastrophe. L’enjeu est simple : chaque solde doit pouvoir être expliqué et chaque écriture justifiée par une pièce comptable. En d’autres termes, une bonne gestion au quotidien (factures archivées, rapprochement bancaire effectué régulièrement, FEC conforme) rend l’exercice bien moins redoutable qu’il n’y paraît.

Qu’est-ce que l’administration vérifie vraiment ?

Lors d’un contrôle, l’administration ne cherche pas à piéger l’entreprise. Elle effectue une vérification de cohérence entre les déclarations fiscales, les états financiers et les opérations enregistrées en comptabilité. Concrètement, elle analyse les comptes de l’exercice concerné, entre le chiffre d’affaires, les charges, les immobilisations, les stocks, la trésorerie, etc.

À ce titre, le premier outil qu’elle demande est le FEC (Fichier des Écritures Comptables), un fichier numérique obligatoire pour toute entreprise soumise au contrôle, qui regroupe l’ensemble des écritures comptables de l’année dans un format standardisé. Et n’allez pas croire que ce document est anodin, car un FEC incomplet ou mal organisé tire un premier signal d’alarme.

Au-delà du FEC, le contrôleur effectue également un examen analytique, en comparant les soldes de l’année avec ceux de l’exercice précédent, en scrutant les variations importantes, et en s’intéressant aux points qui lui paraissent incohérents. Ainsi, une charge qui double sans explication, un solde bancaire qui ne correspond pas aux relevés ou des factures manquantes dans une série sont autant de signaux qui déclenchent des questions.

Selon economie.gouv.fr, 17,1 milliards d’euros ont été réclamés par l’État en 2025 à l’issue de contrôles fiscaux, et 57 % des dossiers concernés ont été ciblés grâce à l’intelligence artificielle.

Comment justifier les soldes des comptes ?

La justification des comptes est l’essence même du travail comptable. Pour chaque compte, le but est simple : expliquer comment le solde est constitué et le prouver avec des pièces justificatives.

Les comptes de tiers (clients, fournisseurs) doivent ainsi présenter des soldes composés uniquement d’opérations non réglées. Si un compte fournisseur présente un solde débiteur, il faut pouvoir donner une explication, comme une facture manquante. Le lettrage des comptes, c’est-à-dire l’association de chaque facture avec son règlement, est ici indispensable. Sachez d’ailleurs qu’à ce propos, un logiciel comptable digne de ce nom doit permettre d’éditer la liste des opérations non lettrées en quelques clics.

Gardez à l’esprit que le rapprochement bancaire est un incontournable, car il permet de vérifier que le solde du compte bancaire dans la comptabilité correspond bien au solde du relevé bancaire réel. Vous vous en doutez, si les deux ne concordent pas, il faut identifier et corriger les écarts avant tout contrôle. Ce n’est pas pour rien que c’est l’une des premières vérifications effectuées par l’administration.

Les comptes d’immobilisations doivent tout autant être justifiés par des factures d’achat que cohérents avec l’inventaire physique, puisque l’administration vérifiera que les biens inscrits au bilan existent réellement dans l’entreprise.

Quant aux stocks, ils doivent s’appuyer sur un inventaire physique signé, daté et réalisé à la date de clôture de l’exercice. Si cette procédure n’est pas suivie, leur valorisation peut être contestée.

Quelles sont les pièces justificatives concernées ?

Nous venons de le voir, toute écriture comptable doit s’appuyer sur une pièce justificative. Non seulement c’est une obligation au regard de la loi, mais ça doit surtout être un réflexe de bonne gestion. En cas de contrôle, l’administration peut demander à consulter n’importe quelle facture, n’importe quel contrat, ainsi que n’importe quelle déclaration fiscale ou sociale.

Bien entendu, ce sont les pièces externes (factures fournisseurs, relevés bancaires, tableaux d’amortissement de prêts, déclarations de TVA) qui ont la plus forte valeur probante. Pourquoi ? Tout simplement parce qu’elles proviennent de tiers indépendants et qu’elles sont difficiles à contester.

De leur côté, les pièces internes (factures émises par l’entreprise, procès-verbaux d’assemblée, inventaires) ont une valeur probante un peu plus faible, mais restent nécessaires pour justifier certains postes comme les capitaux propres ou le chiffre d’affaires.

De toute façon, en matière de pièces justificatives, il n’y a qu’une règle d’or : une écriture sans pièce justificative associée est une écriture qui ne tient pas.

Quelles bonnes pratiques adopter pour rester dans les clous ?

Au-delà d’une gestion rigoureuse, que je ne peux que vous conseiller de prendre au sérieux, une entreprise bien équipée passe généralement les contrôles sans encombre.

En effet, en vous munissant d’un logiciel de comptabilité conforme à la réglementation en vigueur et qui génère automatiquement un FEC valide, vous facilitez le rapprochement bancaire et vous permettez de retrouver une écriture en quelques secondes. C’est donc un investissement très rentable, surtout à l’heure où la facture électronique devient progressivement obligatoire.

Mais ce n’est pas tout ! En effet, en fonction de l’importance de votre activité, vous ne devez pas sous-estimer l’aide que peut vous apporter un expert-comptable dans votre conformité. Et pour cause, puisque ce dernier effectue la révision des comptes avant clôture, s’assure de la cohérence des soldes, et identifie les anomalies à corriger avant qu’elles ne vous posent un gros problème.

De plus, en travaillant avec un expert, vous disposez d’un interlocuteur capable d’accompagner votre entreprise lors d’un contrôle et de répondre aux questions de l’administration à votre place, si nécessaire.

Et surtout, n’attendez pas la date de clôture pour contrôler vos comptes. Vous devez mener des vérifications régulières tout au long de l’année pour éviter d’accumuler les erreurs et rendre votre révision annuelle beaucoup moins lourde.

 

En bref, justifier vos comptes ne doit pas devenir une performance de dernière minute. Au contraire, vous devez être rigoureux tout au long de votre exercice, car c’est la clé d’un contrôle réussi. Des écritures comptables correctement imputées, un rapprochement bancaire à jour, des factures conservées et classées, un FEC conforme et un expert qui supervise l’ensemble, voilà ce qui permet à une entreprise de traverser une vérification fiscale ou comptable sans frémir.

FAQ — Les questions fréquemment posées

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Alexandre MARTIN
J'aime me présenter comme un 🛠️ Swiss Army Man 🛠️ du web, m'intéressant aussi bien au marketing digital, qu'à la rédaction, au storytelling, au développement web, au design ou encore à l'expérience utilisateur (UX). Après plus de 10ans en tant que responsable marketing digital du groupe Legal2digital, les formalités des entrepreneurs n'ont plus aucun secret pour moi ! Comptez sur moi pour tout vous dévoiler de leur vie secrète 😉 !
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