Il y a des matins où tout s’enchaîne mal. Le café est tiède, la réunion de 9 heures est maintenue et l’un de vos salariés vient de vous prévenir qu’il est en arrêt maladie pour deux semaines. Si votre première pensée va à la pile de dossiers qu’il faudra répartir, je serais bien mal placé pour vous jeter la pierre.
Sauf qu’un arrêt maladie, ce n’est pas seulement une absence à gérer. Derrière, il y a toute une série d’obligations pour l’employeur, avec des délais, des calculs de salaire et des règles qui ont encore bougé en 2026. Et dans une petite entreprise sans service RH, on a vite fait de rater une étape.
Recevez l’arrêt et signalez-le dans les temps
Pour commencer, mettons tout de suite quelque chose au clair : votre salarié doit vous transmettre son avis d’arrêt de travail dans les 48 heures. Avec l’arrêt dématérialisé, son médecin envoie directement à l’Assurance maladie les volets qui lui sont destinés, et votre salarié vous adresse le volet réservé à l’employeur. Évidemment, celui-ci ne mentionne pas le motif médical. Et inutile de demander à votre salarié de quoi il souffre ! C’est une affaire entre lui et son médecin.
De votre côté, vous devez effectuer un signalement d’arrêt de travail en DSN dans les cinq jours qui suivent la réception de l’arrêt. C’est ce signalement qui fait office d’attestation de salaire et permet à la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) de calculer les indemnités journalières. En cas de retard, votre salarié attend son argent.
À noter que depuis le 1er septembre 2026, un arrêt initial ne peut plus dépasser 31 jours et une prolongation 62 jours, sauf justification médicale. Attendez-vous donc à recevoir des prolongations plus souvent.
Indemnités journalières et complément de salaire : qui paie quoi ?
Accrochez-vous, car c’est la partie la plus technique.
L’Assurance maladie verse des indemnités journalières à partir du 4e jour d’arrêt, après un délai de carence de trois jours. Elles s’élèvent à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur un salaire plafonné à 1,4 Smic depuis avril 2025.
Côté employeur, si votre salarié a au moins un an d’ancienneté, vous devez lui verser un complément de salaire à partir du 8e jour d’arrêt, à condition notamment qu’il ait justifié de son absence dans les 48 heures. Ce complément lui garantit, indemnités journalières comprises, 90 % de sa rémunération brute pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants (et ces durées augmentent avec l’ancienneté). Surtout, vérifiez votre convention collective, car elle prévoit souvent des règles plus généreuses, comme un maintien de salaire dès le premier jour.
Pour simplifier la vie de tout le monde, vous pouvez pratiquer la subrogation, à savoir que vous maintenez le salaire et percevez directement les indemnités journalières à la place de votre salarié. Il ne subit ainsi aucun trou dans ses revenus, et vous vous épargnez quelques coups de fil inquiets en fin de mois.
Réorganisez le travail sans solliciter votre salarié
Pendant l’arrêt, le contrat de travail est suspendu. Votre salarié n’a donc pas à travailler et vous n’avez pas à le lui demander, même pour un petit mail vite fait. Vous pouvez le contacter pour une information vraiment indispensable (où est ce dossier ? quel est le code de ce logiciel ?), mais pas davantage. Un employeur qui fait travailler un salarié en arrêt s’expose à devoir l’indemniser.
Pour faire face, répartissez temporairement ses tâches sans surcharger le reste de l’équipe, ou recrutez un CDD de remplacement ou un intérimaire si l’absence se prolonge.
Et si vous doutez du bien-fondé de l’arrêt ?
Puisque vous versez un complément de salaire, vous pouvez organiser une contre-visite médicale. Le médecin que vous mandatez peut se présenter au domicile de votre salarié sans prévenir, pendant les heures de présence obligatoire, ou le convoquer à son cabinet. Si l’arrêt est jugé injustifié ou si le contrôle s’avère impossible, vous pouvez suspendre le complément. Je me permets toutefois d’attirer votre attention sur le fait que cette stratégie est à manier avec discernement. En effet, c’est un outil de contrôle qui peut vite se retourner contre vous.
Préparez le retour du salarié
Le retour d’un salarié après une période d’arrêt maladie se prépare, surtout s’il s’agissait d’une longue absence.
Si l’arrêt dépasse 30 jours, un rendez-vous de liaison peut être organisé, à votre initiative ou à celle du salarié, en y associant le service de prévention et de santé au travail. Facultatif pour votre salarié, ce rendez-vous permet néanmoins d’anticiper son retour et de poser le cadre d’un potentiel aménagement de poste, temps partiel thérapeutique, etc.
Si l’arrêt a duré au moins 60 jours, la visite de reprise auprès du médecin du travail est quant à elle obligatoire. Organisez-la le jour de la reprise ou, au plus tard, dans les huit jours qui suivent.
Enfin, contre toute attente, votre salarié a continué d’acquérir des congés payés pendant son arrêt. Dans le mois qui suit son retour, vous devez donc l’informer du nombre de jours dont il dispose et de la date jusqu’à laquelle il peut les poser.
Ce qu’il faut retenir, c’est que gérer l’arrêt maladie d’un salarié est avant tout une affaire de méthode. Commencez par signaler l’arrêt dans les temps, verser ce qui est dû, réorganiser le travail sans déranger le salarié absent, puis préparer son retour. Il n’y a rien d’insurmontable là-dedans, à condition de garder un œil sur les délais et sur votre convention collective, souvent plus généreuse que la loi.
